Fondato dai Benedettini fra IX e X secolo, nel 1311 passò ai Cistercensi, e nel 1578 ai Frati Minori. Ogni famiglia religiosa ha apportato modifiche allargando o restringendo, sopraelevando, mutando prospettive e funzioni.
Il lavoro di restauro a cui il convento fu sottoposto in modo sistematico dal 1975 in poi fu dettato, tra l'altro, dall'esigenza di restituire alla conoscenza, per quanto possibile, i segni della sua millenaria evoluzione.
È stato evidenziato così un importante complesso di tracce. Il convento è diventato una sorta di libro aperto la cui scrittura, non ancora terminata, impegnerà ancora a lungo. Le pagine di questo libro riportano solo elementi parziali, spesso fra loro incoerenti e temporalmente lontanissimi.
I lavori di restauro, a cominciare dal 1975, interessarono gran parte del convento, in particolare la chiesa, la sacrestia, la cappella delle confessioni, la cucina e il refettorio piccolo, la sala della fraternità e, in questi ultimi tre anni, i contrafforti nord occidentali col grande fornice di accesso, la parete esterna meridionale della chiesa e il corridoio d'ingresso al convento.
I lavori fruttarono, tra l'altro, una piccola ma preziosa raccolta di frammenti medievali costituiti da fregi, epigrafi, piccole sculture, frammenti pittorici ritrovati come pezzi erratici o nascosti in materiali di riempimento. Questa raccolta è stata già più volte oggetto di accurati, anche se parziali, studi.
L'edificio conventuale e le raccolte in esso conservate possono essere intese come una grande sintesi delle due fasi della lunga storia di questa realtà religiosa: la prima, benedettina e cistercense, finita nel 1578, e la seconda, francescana, dal 1578 in poi.
Queste due fasi, esplicitate dalla doppia denominazione del monastero, San Giovanni in Lamis e San Matteo, ancora oggi rappresentano il duplice rapporto che questa casa religiosa ha avuto, e tuttora ha, con le popolazioni del Gargano e della Daunia in genere.
Di San Giovanni in Lamis resta il vasto e autorevole impianto abbaziale le cui splendide tracce si possono ammirare nel Lapidarium medievale sotto forma di raffinati ornamenti architettonici; resta la posizione alta sull'abitato di San Marco in Lamis, arroccata a mezza montagna a guardia della strada, la Via Francesca dei documenti, che dall'ampia porta occidentale del Gargano, sale dalla pianura verso l'interno del Gargano meridionale costellato di abbazie, santuari e romitaggi.
Restano i suoi privilegiati rapporti con le città di San Giovanni Rotondo e San Marco in Lamis, non più soggette per vincoli feudali ma ancora legatissime da vincoli spirituali e di amicizia.
Il complesso dei beni culturali di San Matteo abbraccia il vasto arco temporale che va dal Paleolitico superiore fino ai nostri giorni. Propone, quindi, alla nostra conoscenza un quadro ampio dell'attività e degli interessi, soprattutto religiosi, delle popolazioni del territorio che va dai manufatti litici e fittili delle epoche antiche, alle preziose sculture medievali, alle splendide edizioni del Quattrocento e del Cinquecento, ai raffinati paramenti sacri dei sec. XVI, XVII e XVIII, ai dipinti devozionali, alle statue, alla splendida collezione delle tavolette votive.
Il complesso delle collezioni di beni culturali attualmente esistenti nel Convento Santuario di San Matteo possono essere così sintetizzate:
- Lapidarium medievale
- Statue
- Dipinti
- Raccolta Archeologica
- Raccolta Paleontologica
- Paramenti Sacri
- Arredi e strumenti liturgici
- Statue sotto vetro e altri oggetti devozionali
- Ex voto oggettuali
- Ex voto tavolette dipinte